卫生局机构职能及内设科室根据以农村为重点，预防为主、中西医并重，依靠科技与教育，动员全社会参与，为人民健康服务，为社会主义现代化建设服务的新时期卫生工作方针，县卫生局的主要职责是：
（一）贯彻执行党和国家关于卫生工作的方针政策和法律法规，组织实施国家卫生标准和技术规范，研究拟定地方卫生法规，卫生标准和技术规范并组织实施。
（二）研究提出全县卫生事业发展规划、区域卫生规划和社区卫生服务规划并组织实施；研究拟定全县卫生人才发展规划并组织实施。
（三）编制卫生事业经费的预算、决算；研究提出卫生服务价格建议，协同有关部门指导全县医疗卫生收费管理并监督检查。
（四）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育；制定并实施对人群健康危害严重疾病的综合防治规划；组织实施医学康复工作。
（五）研究制定并组织实施全县农村卫生、妇幼卫生、预防保健和提高出生人口素质工作发展规划和政策措施，组织指导和监督初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。
（六）指导全县医疗机构改革；实施医疗机构、从业人员和临床新技术的许可制度；组织实施关于医务人员执业标准、医疗质量标准、医疗安全管理规划、服务规范和职业道德规范；承担县医疗事故技术鉴定委员会的日常工作。
（七）研究制定和实施全县重点医学科技、教育规划和医学重点专科建设规划，组织重点医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作。
（八）贯彻国家药品监督法律、法规，做好医疗机构中有关药事管理工作；依法监督管理采供血及临床用血质量。
（九）监督管理全县传染病防治、职业病防治及食品、职业、环境、放射和学校卫生工作；依法对食品等健康相关产品实施许可和监督管理，并负责健康相关产品检验机构的认证。
（十）贯彻中西医并重的方针，研究拟定并组织实施中医药事业发展规划；管理和指导全县中医和中西医结合工作。
（十一）承担县政府血吸虫病、地方病防治领导小组的日常工作。
（十二）负责管理全县医疗救护和疾病预防控制工作，组织调度全县卫生技术力量，协助各级政府和有关部门对重大突发事件、突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延。
（十三）负责对全县农村改水、改厕的指导和管理工作及除害灭病工作，协助做好创建卫生县城工作。
（十四）负责对全县居民的健康教育工作。
（十五）负责本系统党建、精神文明建设、纪检监察工作及机构编制、人事、劳动工资及群团等工作。
（十六）承办县委、县政府交办的其他事项。
各科室职能根据上述职责，县卫生局内设4个科室。
（一）办公室（挂纪委、监察室牌子）
1、协助局领导组织协调政务、党务工作、精神文明建设和日常事务。
2、负责文秘工作和局机关电文处理、会议组织、接待、文印、档案、机要保密等工作。
3、负责制定局机关的各项工作制度及车辆管理等工作。
4、研究拟定卫生人才发展规划和政策措施并组织实施，指导全县卫生人才交流。
5、负责全县卫生机构编制、人事、劳资和职工福利工作。
6、负责全县卫生技术人员的职称评审的组织、申报和卫生技术专业人员资格认定工作。
7、负责卫生系统的工会、共青团、妇联及老干部、托管人员管理等工作。
8、负责新闻报道工作和信息、信访、纪检监察工作。
9、完成局临时交办的任务。
（二）发展规划科（挂财务科牌子）
1、研究提出全县卫生事业发展规划，参与制定全县区域卫生规划。
2、编制卫生事业经费的预算、决算，管理卫生事业经费。
3、负责财务管理及审计监督、卫生统计工作。
4、制定全县卫生基本建设年度计划并组织实施。
5、研究提出卫生价格建议，协同有关部门管理和监督医疗卫生收费。
6、负责局机关环境卫生、食堂、物资供应等工作。
7、负责系统内设备配置及后勤管理工作。
8、完成局临时交办的任务。
（三）高淳县爱国卫生运动委员会办公室（挂"综合治理办公室"牌子）
1、负责农村改水、改厕的指导及管理，做好居民健康教育工作。
2、负责除害灭病工作的管理，制订具体规划并组织实施。
3、参与县城镇卫生建设规划的修订与实施，协助做好创建卫生县城工作。
4、负责局机关招商引资工作及南京第四制药厂善后工作。
5、负责系统内综合治理、安全生产、治安保卫、卫生创建等工作。
6、完成局交办的临时工作。
（四）卫生监督与疾病预防控制科（挂高淳县血吸虫病、地方病防治领导小组办公室"的牌子）。
1、 负责全县卫生行政执法监管工作。
2、组织卫生行政综合执法，加强卫生监督员队伍的管理和考核。
3、拟定传染病、血吸虫病、地方病、慢性非传染性疾病与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，组织对重大传染病、地方病的综合防治。
4、承担县血吸虫病、地方病防治领导小组办公室日常工作。
5、完成局交办的临时工作。
（五）综合业务科（挂初保办牌子）
1、监督管理全县医疗机构的医疗质量和服务质量，拟定医务人员服务规范。
2、贯彻国家药品监督法律、法规，做好医疗机构中药事管理工作。
3、承担县医疗事故技术鉴定委员会工作，受理医疗事故技术鉴定申请并组织实施。
4、拟定县医学科技发展规划及年度计划和管理办法并组织实施；组织实施县医学重点科技项目及市级医学重点学科的推荐、申报及管理工作;做好县级医学学科带头人的选拔、培养、考核工作。
5、负责卫生科技信息管理。
6、组织拟定和实施中医事业发展规划、计划，组织实施中医管理规划和技术标准。
7、拟定县医学教育和科普宣传年度计划并组织实施。
8、研究制订全县农村卫生、社区卫生、初级卫生保健、妇幼卫生的发展规划并组织实施。
9、完成局交办的临时工作。